آب و هوای اين شهرستان نسبتا سرد و نيمه خشك است. در مركز اين شهرستان بيش ترين درجه حرارت در تابستان ها 28 بالای صفر و كم ترين آن در زمستان ها 17 درجه زير صفر است. ميزان باران ساليانه بستان آباد به طور متوسط 260 ميلي متر است.