شورای مرکزی سازمان بالاترین مرجع تصمیم گیری سازمان بوده و تعداد اعضا و ترکیب آن بدین قرار است:

1.رئیس جهاددانشگاهی ( رئیس شورای مرکزی)

2.معاون فرهنگی جهاددانشگاهی(نایب رئیس شورا )

3.رئیس سازمان دانشجویان جهاددانشگاهی (دبیر شورا)

4.سه نفر از معاونان فرهنگی واحدهای جهاددانشگاهی به انتخاب معاونان فرهنگی

5.سه نفر از دانشجویان دانشگاهها و مراکز آموزش عالی کشور که عضو فعال سازمان دانشجویان هستند، به انتخاب رئیس سازمان

6. روسای مراکز تخصصی و مدیران عامل موسسات زیر مجموعه سازمان

7.یک نفر از مدیران اجرایی شعب سازمان به انتخاب رییس سازمان

8.یک نفر شخصیت حقیقی فرهنگی - دانشجویی به پیشنهاد رئیس سازمان و تأیید رئیس جهاد دانشگاهی