بنا بر بررسی های انجام شده اين مسجد ظاهرا در آغاز، يكی از آتشكده های دوره ساسانی بوده كه بعدها با سكونت ارامنه دراين قلعه به كليسا تبديل شده است. پس از پيروزی اعراب بر بابك در قرن سوم هجری و هم زمان با اسلام آوردن مردم آذربايجان اين بنا به مسجد تبديل شد.