شهرستان مشگين شهر براساس تقسيم بندی كوپن دارای چهار اقليم مديترانه ای گرم و خشک، مديترانه ای معتدل، استپی سرد و كوهستانی سرد است. ماه های خشک و يخ بندان آن 5 تا 8 ماه و ميزان بارندگی ساليانه شهرستان به طور متوسط 300 ميلی متر است. آب و هوای اين شهرستان نسبتا سرد و نيمه خشک بوده و بيش ترين درجه حرارت در مركز اين شهرستان در تابستان ها حدود 35 درجه بالای صفر و كم ترين آن در زمستان ها 25 درجه زير صفر است.