هواي شهرستان قائنات معتدل و خشك بوده و در مركز اين شهرستان شهر قائن بيشترين درجه حرارت در تابستانها 30 درجه بالاي صفر و كمترين آن در زمستان ها 10 درجه زير صفر است. ميزان باران ساليانه آن حدوداً به 200 ميليمتر ميرسد .