منطقه سرخس در مرز ناحيه آب و هوايي صحرايي قره‌قوم و اقليم نيمه صحرايي بخش هايي‌از خراسان قراردارد و از خصوصيات هر دو بخش به شكل متأثر است. با توجه به رستني‌هاي محلي، منطقه سرخس را جزو‌ اقليم بياباني BW يا دقيق‌تر Bwsak تشخيص داده از كوپن در تقسيمات اقليمي ايران آب و هواي سرخ را با بخش مهمي از آب و هواي نيمه صحرايي خراسان در يك گروه قرار داده‌اند و آن‌را با علامت BSsah مشخص كرده‌اند. ولي درواقع هر قدر از مشهد به‌سوي سرخس نزديك‌تر مي‌شويم و به خصوص وقتي كه از گردنه مزدوران مي‌گذريم و وارد منطقه واقعي سرخس مي‌‌شويم؛ كيفيت آب و هوايي خاص منطقه بروز مي‌كند.