مسجد سيد در محله بيدآباد و جنب بازارچه بيد‌آباد واقع شده و بزرگ ترين و مشهورترين مساجد اصفهان از قرن سيزدهم هجری است که به وسيله حجت الاسلام حاج سيد محمدباقر شفتی (1260-1180هـ . ق) از روحانيون بزرگ اصفهان ـ در اواخر نيمه اول قرن سيزدهم، ساختمان آن شروع شده و کاشی کاری آن تا پايان نيمه دوم آن قرن ادامه داشته است. بخشی از تزيينات مسجد بعد از مرگ بانی بنا توسط پسرش حاج سيد اسدالله و قسمتی توسط نواده‌اش حاج سيد محمدباقر به اتمام رسيده و ظاهراً بخش‌های ديگری از تزيينات آن ناتمام مانده است. نقشه بنای مسجد به صورت مستطيل شکل (85×95متر) مجموعاً 8075 مترمربع وسعت دارد و از چهار جهت به بيرون راه پيدا می ‌کند و بنای آن متشکل از بخش‌هايی است که در ديگر مساجد معتبر تکرار می ‌شود. کاشی کاری سردر شمالی مربوط به دوره اخير است. کتيبه‌های مسجد عمدتاً به تاريخ‌های بين 1255 تا 1318هـ . ق را در بر دارند. نمای ايوان‌ها و لچکی غرفه‌ها و رواق‌ها با کاشی ‌های خشتی دوره قاجار مزين شده و در ازاره‌ها نيز از پوشش سنگی استفاده شده است. در ضلع جنوبی صحن، ايوان اصلی و در پشت طرفين آن، گنبدخانه و شبستان‌های ستوندار قرار گرفته است. تالار تدريس و آرامگاه حجت الاسلام شفتی، از ديگر آثار در خور توجه مسجد است. آرامگاه، متشکل از گنبدخانه و رواقی است که با تزيينات متنوع کاشی کاری، گچ بری، آيينه‌کاری و نقاشی به همراه کتيبه‌های متعدد مزين شده است. تالار تدريس نيز دارای ستون‌های چوبی، درها و پنجره‌های ارسی زيباست. اين مسجد، از کارهای برجسته معماری دوره قاجاريه است که از نظر ويژگی ‌های معماری و تزيينی ـ خاصه کاشی کاری و کتيبه‌های فراوان ـ در خور توجه و مطالعه است. اين بنا به شماره 387 به ثبت تاريخی رسيده است.