بنای مسجد جامع اردستان در مركز محله محال اردستان واقع شده و از كهن ‌ترين مساجد ايران است كه براساس بررسی های صورت گرفته بنای اوليه آن ، مربوط به قرون اوليه اسلامی است و در دوره سلجوقی تجديد بنا و در دوره های ديگر، بخش‌های مختلفی به آن اضافه شده است. براساس بررسی‌های باستان ‌شناسی، مسجد جامع اوليه اردستان، بين اواخر قرن دوم هجری تا نيمه اول قرن چهارم هجری، بر روی بقايای ساختمان‌های بزرگ خشتی ـ احتمالاً از دوره ساسانی ـ ساخته شده است. در نيمه دوم قرن ششم هجری، با تخريب بخشی از شبستان جنوبی مسجد اوليه، گنبدخانه كنونی بنياد شده و چندی بعد از آن، ايوان جنوبی و رواق‌های متصل به آن ساخته شده‌اند. در مرحله بعد، با حفظ تركيب اصلی، تغييراتی در جرزها و پايه‌ها به منظور تقويت و تحكيم آنها صورت گرفته و سرانجام در مرحله چهارم ساختمانی كه احتمالاً دوره صفوی را شامل می‌شود، ايوان‌های ديگر ـ خاوری. باختری و شمالی ـ به صحن اضافه شده‌اند. گسترش و اتصال مسجد به بناهای ديگر ـ مدرسه و حسينيه ـ نيز در همين دوره صورت گرفته است. با توجه به اطلاعات به دست آمده، ايوان شمالی و غرفه های جانبی آن، در يک زمان ـ 946هـ . ق بر روی آثار مسجد اوليه بنا شده است.