مسجد سيد يكی از بناهايی است كه حاج شعبان علی پشت مشهدی در نيمه اول قرن گذشته برای نماز جماعت ساخته است و در جوار بقعه حبيب بن موسی قرار دارد. جلو خان آن كه با در ورودی به راهرو و مسجد صحن امامزاده مشترک می ‌باشد دارای سقف آجر و كاشی مقرنس كاری است و بر كتيبه كاشی خشتی سه طرف سر در، قطعه تاريخ بنا به خط نستعليق سفيد بر زمينه لاجوردی اشعاری ثبت شده است. مجموع بناهای مسجد سيد عبارت است از صحن و سرای حوض خانه و آبريزگاه، مقصوره گنبدی شكل كه در دو طرف شرق و غرب آن، دو شبستان بزرگ زمستانی با اطاق‌های آجری و مقرنس ساخته شده و دارای سه محراب می‌ باشد يكی محراب مقصوره وسط كه سقف آن مقرنس گچی است و از بالا تا پايين نقاشی رنگارنگ شده و ديگر محراب شبستان خاوری مسجد كه سقف آن مقرنس گچ كاری و از كتيبه تا كف زمين با كاشی خشتی الوان پوشيده شده، محراب سوم در وسط ديوار جنوبی شبستان باختری است كه با گچ مقرنس كاری كرده‌اند.