مسجد جامع جندق در مركز قلعه جندق از توابع شهرستان نايين در دشت لوت واقع است. ورودی مسجد، رو به شمال در ساباطی باز می ‌شود. صحن مسجد، مربع مستطيل است و در هر يک از اضلاع خاوری و باختری آن، سه غرفه با آسمانه‌های ضربی ديده می ‌شود. گنبد آجری مسجد با طرح حصيری در ضلع جنوبی بر روی اتاقی چهار ضلعی استوار است. اين مسجد دارای دو شبستان است که يكی از آن ها در پشت غرفه‌های مسجد و ديگری به صورت مجزا در سمت شمالی مسجد واقع است و به عنوان شبستان زنانه مورد استفاده قرار می ‌گيرد. به نظر می ‌رسد كه اين شبستان بعدها با ايجاد گذری، از بنای اصلی مجزا شده باشد. در خصوص تاريخ ساخت مسجد اطلاع دقيقی در دست نيست، ولی در آن زيلوهايی قديمی به تاريخ 960 و 1034 و 1044هـ . ق وجود دارد كه می ‌توان ساخت بنای مسجد را قبل از اين تاريخ‌ها دانست. پشت ديوار ضلع غربی مسجد، حسينيه‌ای قرار دارد كه اطراف آن را غرفه‌های دو طبقه‌ای با طاق‌های جناغی در بر گرفته است.