اين بنا در محله خواجه در مركز شهر نطنز واقع شده و منسوب به خواجه قاسم مستوفی است، اما با توجه به مندرجات وقف نامه حاج سيد مرتضی قصبه‌ ای مورخ 12 ربيع الاول سال 1222 هـ . ق معلوم می شود كه اين مسجد از ساخته‌ های وی بوده است. بنای قديمی مسجد به صورت دو طبقه ساخته شده و دارای شبستان ‌های ستوندار با پوشش طاقی بوده است، اما پس از تحمل خرابی های بسيار و در سال 1360 شمسی تخريب شده و بنای جديدی به جای آن ساخته شد.