آب و هوای نايين معتدل خشك و متغير است. بيش ترين درجه گرما 39 درجه سانتی گراد بالای صفر و كم ترين درجه هوا 5 درجه زير صفر و ميانگين بارندگی 100 ميلی متر در سال است.