بناي مسجد جامع هندوان در روستاي هندوان – حدود هفتاد کيلومتري شرق بيرجند واقع است و به نظر مي رسد که اصل آن در دوره تيموري ساخته شده و در دوره هاي بعد الحاقاتي بدان اضافه شده باشد. نقشه مسجد داراي سه فضاي گنبد دار، شبستان و ايوان است. مسجد رو به سمت شمال، سه گنبد خانه و در جلوي آن شبستان طاق‌دار هشت دهانه اي دارد. ساختمان بنا از آجر – در دو اندازه – ساخته شده و خطوط نامنظم بنا و تنوع ضخامت ديوارها دلالت بر دوره هاي مختلف ساختماني دارد که جدا کردن آن‌ها از همديگر به جهت فقدان کتيبه و مدارک تاريخي مرمت کلي که به تازگي انجام گرفته و شباهت سبک معماري دشوار است قديمي ترين قسمت مسجد گنبد خانه جنوب باختري است. اين گنبد خانه در پايه مربع شکل است و در هر طرف آن قوس هاي سه تکه اي قرار دارد که به صورت اسپرهاي مستطيل ترتيب يافته است. در ديوار جنوبي محراب طاق‌نما مانندي است. اختلاف سطح گنبد خانه ها شبستان و ايوان ورودي از خارج باعث عدم تناسب آن ها شده است. در گوشه شمال خاوري پلکاني جهت دسترسي به پشت بام تعبيه شده است. تاريخ اين بنا با توجه به فيلپوش ها و کاربندي زير گنبد مربوط به دوره تيموري – قرن نهم ه.ق است.