بناي اصلي مسجد جامع گرگان در محله نعل‌بندان اين شهر واقع شده است. با توجه به وجود مناره آجري دوره سلجوقي بناي اوليه مسجد نيز به همان دوره تعلق دارد و در دوره‌هاي بعدي به طور گسترده بازسازي ، تعمير و تزيين شده است. در حال حاضر به غير از مناره، اثر ديگري از بناي اوليه مسجد بر جاي مانده‌ و بيش‌تر بازسازي‌ها در دوره تيموري، صفوي و دوره حاضر صورت گرفته است.