آب و هوای شهرستان خدابنده معتدل مايل به سرد و خشک است. براساس سالنامه آماری سال 1380 استان زنجان، بیش ترین دمای هوا در مرکز این شهرستان 5/32 درجه سانتی گراد در مرداد ماه و کم ترین دمای هوا در این منطقه 2/7- درجه سانتی گراد در بهمن ماه بوده است. میانگین دمای هوا نيز در شهر قیدار (مرکز این شهرستان) 93/11 درجه سانتی گراد برآورد شده است. میانگین بارندگی در سال 1380 در قیدار، 7/292 میلی متر در سال برآورد شده که بیش ترین میزان آن در آبان ماه باريده است. میانگین رطوبت نسبی این شهر در ساعت 30/6 صبح، 3/57 درصد و در ساعت 30/12 ظهر 38 درصد بوده است. تعداد روزهای یخ‌بندان نيز 84 روز در سال می باشد که از اوایل آبان آغاز و تا اوایل فروردین ماه ادامه پیدا می کند. میانگین بیش ترین سرعت وزش باد در منطقه 83/13 متر بر ثاینه برآورد شده است.