درباره پيشينه قم وتاريخ بنای آن اختلاف نظر وجود دارد. نام قم سه بار در شاهنامه فردوسی آورده شده است. با اين وجود، برخی بنای شهر قم را به بعد از اسلام نسبت می دهند. گريشمن مناطقی چون قم، سيلک كاشان، ساوه و اساسا كناره های باختری کوير ايران را از قديمی ترين مناطق استقرار جمعيت های انسانی و تمدن های اوليه می داند. بر اين اساس قدمت قم و نواحی پيرامون آن، به چند هزار سال پيش می رسد. نتايج كاوش های باستان شناختی اخير در منطقه قم رود نيز اين ادعا را تأييد می کند.
قم در سال های 23 يا 24 هـ . ق هم زمان با اصفهان به تصرف اعراب درآمد. اعراب نام شهر را با الهام از نام يکی از روستاهای منطقه «کم» يا «قم» نهادند. ورود اعراب اشعری به قم، مورد استقبال زرتشتيان قرار گرفت. از دلايل اين استقبال می توان به هجوم پی در پی جنگل نشينان ديلمی به اين نواحی اشاره کرد. اتحاد و پيوند اعراب و زرتشتيان، چندان به درازا نکشيده منجر به درگيری هايی شد که سرانجام به تسلط بيش تر اشعری ها، بر روستاها و مزارع منطقه انجاميد. از اين پس روستاها و مزارع بيش تری با يک ديگر ادغام شده و فضای شهری قم را به وجود آوردند. قم در دوره اشعريان پناهگاه نسبتا امنی برای «طالبين» و «علويان» شد. اشعری ها با توجه به گرايش های فکری خود، از ورود علويان حمايت و استقبال كرده موجب توجه و هجرت شان به اين شهر شدند. تا پيش از ايجاد اختلاف در بين عرب های اشعری، حکومت آنان بسيار چشمگير بود. اشعريان آشكارا به نشر گرايش های علوی می پرداختند. از پرداخت خراج سر باز می زدند و حتی فرستاده گان خلفا را نيز به شهر راه نمی دادند. در قرون اوليه اسلام، علويان و شيعيان با بی رحمانه ترين وضع، تحت تعقيب و آزار حكام اموی و عباسی بودند. تعقيب و آزار خلفا از يک سو و انگيزه تبليغ گرايش های علوی از سوی ديگر، سبب شد كه آنان به مناطق دور دست سرزمين های اسلامی آن روزگار هجرت كنند. ايران و شهرهای آن ازجمله قم از مناطق مهمی بودند كه علويان پيوسته به سوی آن ها هجرت می كردند. با حضور علويان در قم، اين شهر به يک كانون مخالف بغداد تبديل شد. قيام عليه فرمان دار وقت در زمان هارون، يكی از شورش های معروف در قم بود. مردم قم بعد از کشته شدن امام هشتم – علی بن موسی الرضا(ع) – چون مامون را قاتل امام خود می دانستند، هنگام بازگشت او از مرو به بغداد، دست به شورش زدند. مامون برای سركوبی شورش قم، علی بن هشام را با لشگر نيرومندی به جانب قم فرستاد تا شورشيان را سركوب و خراجی را كه از سال 204- 211 نپرداخته بودند، دريافت کند. به دستور علی بن هشام تعدادی از سران اشعری و بزرگان شهر اعدام شدند، باروی شهر با خاک يكسان شد و خراج هفت ساله را نيز با ستم و زور از مردم گرفتند. علی بن هشام قبل از بازگشت به بغداد فردی به نام علی بن عيسی طلحی را به حكومت قم گماشت، اما هنوز چند سالی نگذشته بود كه مردم او را با يک شورش دوباره از قم بيرون نمودند. مامون دوباره فردی را مامور سركوبی اين شورش و گرفتن ماليات وصول نشده؛ كرد و اين بار مامور او با استفاده از آشنايی خود با بزرگان شهر مساله را با روش مسالمت آميز حل كرد.
با آگاهی از خبر فوت مامون (در سال 216 هـ . ق) مردم قم به مرکز حکومت حاکم وقت حمله کرده و او را از قم بيرون کردند. معتصم که بعد از مامون به خلافت رسيده و در بدو شروع خلافتش با شورش مردم قم مواجه شده بود، فرمانده كل سپاه خود را كه وصيف ترک نام داشت برای سركوبی شورش قم فرستاد و به او دستور داد كه شورشيان را تنبيه كند. در جريان اين حمله حصار شهر دوباره منهدم شد و اماكن زيادی از بين رفت. مهاجمين، بسياری از باغ ها، خانه ها و مزارع را آتش زدند و شهر به تلی از خاكستر تبديل شد. وصيف ترک بعد از اين سركوبی، محمد بن عيسی بادغيسی را از سوی خود به حكومت قم گماشته و خود به بغداد بازگشت. حاکم جديد سياست نرمش و مدارا را در پيش گرفت. اين آرامش تا سال 254 هـ . ق برقرار بود، اما با فوت محمد بن عيسی و روی كار آمدن متوكل عباسی، اوضاع دوباره دگرگون شد. متوكل كه شديدا موضع ضد علوی داشت, با ناسزاگويی به حضرت فاطمه(س) و امام علی(ع)، تخريب بقاع متبرک در كربلا و آب بستن بر تربت امام حسين(ع) و ساير شهدای كربلا، به مقدسات شيعيان اهانت كرد. اين امر واکنش شديد شيعيان از جمله مردم قم را به دنبال داشت. بالاخره اهالی قم با حمايت از حسين کوکبی خشم و بغض خود را نسبت به خلفا نشان دادند و او را ياری كردند تا دولت علوی را در محدوده طالقان، قزوين، زنجان و ابهر تشكيل دهد. به اين ترتيب قم و مناطق يادشده از پرداخت ماليات سرباز زدند.
بعد از مدتی، بار ديگر حسين كوكبی با مقداری پيش روی در منطقه طالقان قيام کرد و با تصرف قزوين و زنجان، توانست دولت علوی مستقل و كوچكی را به مدت كوتاهی برقرار كند، اما سرانجام از سپاه خليفه شكست خورد و به داعی كبير (علوی ديگری كه در منطقه طبرستان حكومت می کرد) پناه برد. عبدالرحمن بن مفلح مامورشد تا هم حسين كوكبی را سركوب كند و هم طغيان قم را فرونشاند. وی پس از گرفتن خراج چهار ساله و كشتار وحشيانه ای که باعث ترک ديار بيش تر مردم قم شد، از شهر خارج شده و در ری به موسی بن بغا پيوست تا به قصد سركوبی حسين كوكبی عزيمت كنند. شورش بعدی مردم قم زمانی رخ داد كه معتمد، خليفه عباسی مشغول جنگ با يعقوب ليث صفاری بود. در زمان معتضد عباسی، نيز اهالی قم مجددا شورش كرده از پرداخت خراج خودداری نمودند. اين قيام نيز سركوب شد و عامل خليفه به قتل و غارت مردم شهر پرداخت. اين شورش و سركوب به طور مستمر تا زمان به قدرت رسيدن «آل بويه» كه به نوعی به مبارزه با خلفا به پا خاسته بودند، ادامه يافت. قم در اين دوره به خاطر توجه خاص حکام آل بويه مخصوصا ركن الدين ديلمی و صاحب بن عباد - وزير آل بويه - در ابعاد مختلف رشد و توسعه يافت. صاحب بن عباد كسی بود كه از حسن بن محمد قمی خواست تاريخ قم را به رشته تحرير درآورد و به اين ترتيب اولين كتاب مستقل در تاريخ قم نگاشته شد. در زمان سلجوقيان تصدی امور مهم دولت سلجوقی از سوی قمی ها صورت می پذيرفت و فعاليت آن ها در صحنه سياسی باعث عمران و ترقی قم شد. با حمله مغول، قم بار ديگر به كلی منهدم شد. توجه برخی از حكام مسلمان مغول از جمله سلطان محمد اولجايتو به قم بر آبادانی منطقه افزود. در دهه های پايانی قرن هشتم هـ . ق و در تهاجم تيمور گوركانی شهر بار ديگر ويران و مردم آن قتل عام شدند. در اين حمله، ديوار شهر آن چنان تخريب شد كه تا زمان حكومت صفويه، مردم قم نتوانستند آن را بازسازی كنند. با تصرف قم (در سال 909 هـ . ق) توسط لشگريان اسماعيل صفوی که مذهب شيعه داشتند، قم دوباره مسير رشد و شکوفايی را در پيش گرفت. شهر قم در دوره صفويه از مراكز مهم فرهنگی و فقهی شيعه شد و علمای بزرگی از اين شهر برخاستند. نقش زيارتی و مذهبی اين شهر نيز در دوره صفويه توسعه يافت. شاه عباس اول (به علت دشمنی ديرينه صفويه با دولت عثمانی) به قصد کم کردن زوار عتبات عاليات در نجف، كربلا و كاظمين مردم را به زيارت حضرت امام رضا(ع) در مشهد و حضرت معصومه(س) در قم تشويق می نمود. اين كار، در واقع يک مبارزه فرهنگی و اقتصادی عليه دولت عثمانی بود و شاه عباس درصدد بود كه از اين طريق، توان اقتصادی دشمن را محدود كند. در اين دوره قم از نظر اقتصادی و صنعتی نيز مورد توجه بود، و برای رشد صنعتی و اقتصادی آن تلاش های زيادی انجام شد. از جمله اين تلاش ها زيبا سازی و تزيين بناهای حرم و وقف اموالی برای اين بارگاه بوده است. به هر حال، آثارمتعدد تاريخی بازمانده از عصر صفوی از يک سو و گزارش های سياحان خارجی كه در اين عصر از قم ديدن كرده اند از سوی ديگر، و هم چنين شواهد تاريخی و مذهبی ديگر، حكايت از آن دارند كه قم در عصر صفويه از شكوفايی خاصی برخوردار بوده است. با حمله افغان ها به ايران و تصرف اصفهان، قم به عنوان خط مقدم دفاع از اصفهان دچار خسارات سنگينی شد. افغان ها که در قم مستقر شده بودند، تمام مدارس قم را به انبار غله و علوفه برای سربازان سواره نظام تبديل كردند. حضور افغان ها در قم در دوره هاي ديگر نيز خسارات اقتصادی مهمی را در بر داشته است. از اين ميان می توان به غارت تمام اشيای گران بهای آستانه حضرت معصومه(س) توسط اشرف افغان اشاره کرد که در راه اصفهان، و پس از شكست از نادر شاه در مهمان دوست دامغان انجام داد. در سال 1208 هـ . ق قم به تسلط آقا محمد خان قاجار- اولين پادشاه سلسله قاجار - درآمد. خان قاجار با آتش زدن خانه ها و كشتن مردم، شهر مذهبی قم را بار ديگر دچار ويرانی و مصيبت كرد. بيش تر شاهان سلسله قاجار به خصوص فتح علی شاه قاجار، توجه مناسبی به اين شهر و بارگاه حضرت معصومه(س)داشتند. در حال حاضر، قم يكی از مراكز مهم تشيع در ايران و جهان است و علما و محدثين بزرگی از اين منطقه برخاسته اند. وجود حوزه علميه قم بر اهميت مذهبی اين شهر فزونی خاصی بخشيده است. اين حوزه در سال 1340 هجری قمری با آمدن حاج شيخ عبدالكريم حايری به اين شهر بنيان گذاشته شد و در سال های بعد با ورود علمای ديگر، حوزه های علمی و روحانی كنونی قم تاسيس و توسعه يافتند.