سرنوشت تاريخی آذربايجان شرقی و غربی و وجه تسميه نام آن ها بسيارشبيه هم است. آذربايجان را با توجه به پيشينه تاريخی کهن اش، در زبان های مختلف به نام های گوناگون کمابيش مشابهی ناميده اند. در فارسی ميانه «آتورپاتكان»، در آثار كهن فارسی«آذربادگان» يا «آذربايگان»، و در فارسی كنونی «آذربايجان» ناميده شده است. هم چنين در يونانی «آتروپاتنه»، در بيزانسی «آذربيگانون»، در ارمنی «آتراپاتاكان»، در سريانی «آذربايغان» و در عربی «آذربيجان» گفته اند. تاريخ باستانی آذربايجان با تاريخ قوم «ماد» درآميخته است. قوم ماد پس از مهاجرت به ايران آرام آرام قسمت های غربی ايران از جمله آذربايجان را تصرف كرد. مقارن اين ايام دولت هايی در اطراف آذربايجان وجود داشت كه از آن جمله می توان به دولت «آشور» در شمال بين النهرين، دولت «هيئتی» در آسيای صغير، دولت «اورارتو» در نواحی شمال و شمال غرب، اقوام «كادوسی» در شرق و «كاسی» ها در حوالی كوه های زاگرس اشاره كرد. بعد از تاسيس دولت ماد، آذربايجان به ماد كوچک (درمقابل ماد بزرگ) معروف شد و مشتمل بر شهرهای قديمی همدان، ری، اصفهان و كرمانشاه بود. به عبارت ديگر ولاياتی كه در قرون اوليه اسلامی به ناحيه جبال و بعدها به عراق عجم معروف بودند را در بر می گرفت. بعد از حمله اسكندر مقدونی به ايران، سرداری به نام «آتورپات» در آذربايگان از اشغال آن توسط يونانيان ممانعت به عمل آورد. از آن به بعد اين سرزمين به نام آتورپاتكان معروف شد. آتورپات به پادشاهی رسيد و آن ناحيه را مستقل اعلام نمود. در طول دوره حكومت سلوكی ها، ناحيه آتورپاتكان هم چنان مستقل ماند و يونانيان و جانشينان اسكندر نتوانستند آداب و رسوم و تمدن يونانی را در آن محل اشاعه دهند. آذربايجان در اين زمان پناهگاه زردشتيان و تكيه گاه فرهنگ ايرانی در مقابل فرهنگ يونانی شد. حكومت جانشينان آتورپات در آذربايجان در زمان اشكانيان نيز ادامه يافت و اين منطقه توانست كماكان استقلال خود را حفظ كند. اردشير بابكان - مؤسس سلسله ساسانی – با استيلا برحكم رانان آذربايجان اين منطقه را در زمره امپراتوری بزرگ ساسانی در آورد. در دوره ساسانی معمولاً يكی از مرزبانان را به حكومت آذربايجان می گماردند. در اواخر آن دوره حكومت آذربايجان در دست خاندان «فرخ هرمزد» بوده پايتخت آن « شيز» يا «گنزب» نام داشت كه مطابق با ويرانه های ليلان در جنوب شرقی درياچه اروميه گزارش شده است. پس از فتح آذربايجان به دست اعراب، قبايل عرب از بصره، كوفه، شام و يمن برای سكونت به آن جا روی آورده با خريد زمين های وسيع، كشاورزی را گسترش داده و افراد بومی را رعيت خود ساختند. امرای عرب برای حفظ زمين ها و احتمالاً رعايای مسلمان خود، از حملات ديگر مردم آذربايجان كه به اسلام نگرويده بودند، باروهايی در اطراف املاك وسيع خود می كشيدند كه به تدريج داخل اين باروها به صورت شهرهای نسبتاً مهم درآمد. در سال ۱٩٨ هـجری - قمری بابک خرم دين با استفاده از ضعف خلافت مرکزی مأمون - خليفه عباسی که درخراسان به سر می برد - قيام کرده قسمت های مهمی از شمال شرقی آذربايجان را دراختيار گرفت. از اين پس، از سلطه دستگاه خلافت برآذربايجان تا حد زيادی کاسته شد. بقايای قلعه بابک بر بلندای کوهی در نزديکی کليبر واقع در آذربايجان شرقی هنوز باقی است. سلسله های ايرانی بعد از اسلام مانند طاهريان، صفاريان، سامانيان و غزنويان كه از شرق ايران برخاسته حكومت های مستقلی تشكيل دادند، هيچ گاه نتوانستند قلمرو خود را به آذربايجان برسانند. دراين مدت كه از سال 205 هجری قمری (تأسيس سلسله طاهريان) شروع و تا سال 429 هـ ق (آغاز حكومت سلجوقيان) ادامه می يابد، حكومت های محلی متعددی قدرت را در آذربايجان به دست گرفتند. آخرين حكام مقتدر اين ايالت، ساجيان (317 ـ 276 هـ. ق) بودند كه آن ها نيز عاقبت بر ضد خلفا قيام كردند. پس از سقوط ساجيان، سلسله های محلی ديگری در آذربايجان به قدرت رسيدند كه از آن جمله می توان از رواديان نام برد. در دوران حكومت ساجيان (بنی ساج) و حكومت بعد از آن حكم رانان قسمت شمالی رود ارس به حكام آذربايجان خراج می دادند كه از معروف ترين آنها شيروان شاهای، خداوندان شكی، حكام گرجستان، رواديان و حكام ارمنستان بودند. در آغاز قرن پنج هجری (يازدهم ميلادی) تركان «غز» به فرماندهی سلجوقيان، نخست با دسته های كوچك و سپس به تعداد بيش تر، راهی آذربايجان شده آن جا را به تصرف در آوردند. در 531 هجری (1136 ميلادی) آذربايجان به دست«اتابك ايلدگز» (الدگوز) افتاد كه تاحمله كم دوام جلال الدين خوارزم شاه (31 ـ 1225 م، 28 ـ 622 هـ. ق) وی و اولادش بر آذربايجان حكومت كردند. با حمله مغولان و ورودهلاكوخان ايلخان (1256 م، 654 هـ. ق)، آذربايجان مركز شاهنشاهی بزرگ وی شد كه از آموی تا شام امتداد داشت. با ضعف ايل خانان مغول، امرای مستقلی در آذربايجان قدرت يافتند که از آن جمله می توان به جلايريان، چوپانيان و تركمانان اشاره كرد. پس از تصرف آذربايجان به دست شاه اسماعيل اول صفوی (1502 م، 907هـ. ق) اين سرزمين سنگر گاه اصلی و مركز عمده گرد آوری قوای نظامی برای شاهان صفوی شد. در زمان صفويه آذربايجان محل جنگ های خونين ميان سپاهيان ايران وعثمانی بود. پس ازسقوط دولت صفويه، نادر شاه افشار با کوتاه کردن دست عثمانيان از آذربايجان و يک پارچه کردن ايران، در دشت مغان رسماً تاجگذاری كرد. كريم خان زند در سال 1175 هجری (1755 ميلادی) آذربايجان را از دست خان های محلی كه پس از مرگ نادر شاه قيام کرده بودند، باز پس گرفت. اما پس از مرگ او بار ديگر خوانين محلی سر برآوردند، تا اين كه آغا محمد خان قاجار در سال 1205 هجری(1785 ميلادی) موفق شد كه آذربايجان را مطيع حکومت مرکزی كند. اين منطقه كه هم اكنون يكی از مناطق آباد و پررونق جمهوری اسلامی ايران است در سال 1316 به صورت استان مستقل درآمد كه در برگيرنده شهرها, دهستان ها و روستاهای بسياری است.